De systeemaudits worden op regelmatige basis uitgevoerd bij de managementautoriteit (MA), intermediaire instanties (I.I.) en de certificeringsautoriteit (CA) om de effectiviteit van de werking van het systeem vast te stellen. In een stysteemaudit wordt de adequaatheid van de opgezette systemen nagegaan en wordt tevens de effectiviteit ervan getoetst aan de hand van een beperkte steekproef.
Als controledoelstellingen hierbij worden onderstaande sleutelvereisten, zoals bepaald in de Europese regelgeving, gehanteerd.
Voor de MA en de I.I. gelden volgende sleutelvereisten:
- De functies van de MA/I.I. zijn duidelijk bepaald en toegewezen en er bestaat een duidelijke bevoegdheidsafbakening t.a.v. de (eventuele) bemiddelende instanties;
- Er zijn adequate procedures uitgeschreven voor de selectie van concrete acties;
- Er wordt op een adequate wijze informatie en richtlijnen verstrekt aan de begunstigden;
- De door de MA/I.I. uitgevoerde managementsverificaties zijn adequaat;
- Er bestaat een effectief systeem voor een toereikend controlespoor;
- De geïnformatiseerde rapportagesystemen in verband met boekhouding, monitoring en financiën, waaronder koppelingen met de systemen voor elektronische gegevensuitwisseling met de begunstigden zijn betrouwbaar;
- Er bestaan afdoende en evenredige maatregelen tegen fraude.
- Er zijn passende procedures voor het opstellen van de beheersverklaring en de jaarlijkse samenvatting van de definitieve auditverslagen en uitgevoerde controles.
Volgende sleutelvereisten worden getoetst met betrekking tot de CA:
- De functies van de CA zijn duidelijk bepaald en toegewezen en er bestaat een duidelijke functiescheiding binnen de CA en de (eventuele) bemiddelende instanties;
- De CA heeft geschikte procedures voor het opstellen en indien van betalingsaanvragen;
- Er bestaat een geschikte geautomatiseerde administratie van de gedeclareerde uitgaven en van de overeenkomstige overheidsbijdrage;
- Er werd een afdoende regeling uitgewerkt voor administratie van terugvorderbare, geïnde en geschrapte bedragen;
- Er zijn passende procedures voor het opstellen en certificeren van de volledigheid, nauwkeurigheid en waarachtigheid van de rekeningen.
Tevens worden bij eventuele bevindingen aanbevelingen geformuleerd om de betrokken autoriteit in staat te stellen deze bevindingen naar de toekomst toe te mitigeren.